Ffurfiwyd Llyn Padarn gan rewlifoedd. Mae’n un o lynnoedd naturiol dyfnaf Cymru ac mae’n oddeutu 2 filltir (3.2 km) o ran ei hyd ac mae’r rhan ddyfnaf yn mesur oddeutu 94 troedfedd (29 m).

Mae Llyn Padarn yn cartrefu poblogaeth o dorgoch yr Arctig, pysgod prin a ynyswyd mewn rhai llynnoedd ar ôl i’r Oes Iâ ddiwethaf ddod i ben. Mae’r poblogaethau o dorgoch yng Nghymru yn rhywogaethau gwahanol ac mae’r boblogaeth yn Llyn Padarn yn wahanol yn enetig i’r rhai yn Llyn Cwellyn a Llyn Bodlyn. Bydd silio yn Llyn Padarn yn digwydd mewn dyfroedd bas, ymylol, yn enwedig ar hyd Afon y Bala.

Mae Llyn Padarn yn gartref i ddwy rywogaeth nodedig o blanhigion dyfrol, llyriad-y-dŵr arnofiol (Luronium natans) a gwair merllyn bach (Isoetes echinospora).

Bydd dyfrgwn a niferoedd bychan o adar dŵr yn ymweld â’r llyn.

Yn ei all-lif o Lyn Padarn, Afon Rhythallt yw un o lecynnau silio pwysicaf eogiaid a sewin yng ngogledd Gwynedd.

Mae Llyn Padarn o bwys daearegol cenedlaethol oherwydd mae’r rhan 600m o hyd ohono a leolir ar hyd Rheilffordd Llyn Padarn yn amlygu dilyniant trwchus o greigiau folcanig a gwaddodol o’r cyfnod Cambriaidd.